Con l'approvazione di una Parte nel corso del 1565, il Senato istituì formalmente il Colegio sora l'Arsenal, un nuovo organo che si volle costituito quanto più possibile rassomigliante alla forma stessa del Governo, venendo perciò formato dalle seguenti magistrature:

v      i Patroni a l'Arsenal,

v      i Provedadori a l'Arsenal,

v      due Savi de Terra Ferma,

v      due Savi ai Ordini,

v      un Savio Grando,

v      un Consigliere ducale,

v      un Capo della Quarantia al Criminal.

Dovendo assicurare un ruolo di collegamento politico fra il Governo e la  grande fabbrica pubblica, al fine di assicurare un rapido disbrigo ed appianamento di qualunque problema dovesse sorgere in merito all'organizzazione logistica della Caxa de l'Arsenal, il Colegio lavorava a stretto contatto con le magistrature dei Patroni a l'Arsenal e dei Provveditori a l'Arsenal.

A scanso di equivoci, fu stabilito che il Colegio si dovesse riunire ordinariamente almeno una volta all'anno, in un locale all'interno dell'Arsenale.

Con decreto del 1565, riconfermato successivamente anche da una Parte del 1637, venne stabilita la possibilità per i Patroni a l'Arsenal di poter chiedere la convocazione del Colegio anche al di fuori dell'ordinaria riunione annua.